在遥远的时间尽头，世界受到大规模污染之后，大地被新的主宰污染兽所占领，将人类逼至濒临灭绝的窘境。幸存的人类在远古炼金术师遗留下的自律型移动都市中生活。这些移动都市各自拥有自己独立意识及功能，有专属交通的都市也有专属教育类的学院都市。赌上各自的存亡，都市与都市之间被操控着进行战争。还有能够覆盖天地的巨大怪物“污染兽”群。少年少女们为了保护自己的都市，使用超能力“剄”不断进行战斗。故事就发生于无数都市中的其中一个学院都市切尔尼，在新生入学仪式上，由两个敌对都市的学生引发的骚乱险些造成踩踏事故；在混乱之中，来自于枪壳都市古莲达的普通教育系新生雷弗救下了一名少女。由此，被学生会长以学费全免为条件由一般教育系转入了武技系，并被招入了刚成立不久的都市护卫第十七小队中。
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