战后复兴的东京，、少年侦探金田正太郎和他的“铁人28号”一起解决了一个接着一个的困难事件。但是在战争中行踪不明的正太郎的哥哥出现在了正太郎面前。（正太郎的哥哥也叫正太郎，故下面用SHOUTAROU代替）。为了战争而接受铁人操控训练后返回日本的SHOUTAR神马电影U却得知了博士的遗言为“将铁人留给弟弟正太郎”。而现在的日本也已恢复了和平，他的存在似乎变得毫无价值。但SHOUTAROU还是接受了这个现实，并向弟弟正太郎传授铁人的操纵技术。与此同时，东京埋藏着“废墟弹”的事实也被暴露了出来，那是铁人28号的开发者金田博士研制出来的最终兵器。如果这个武器爆炸的话，东京将化为一片灰烬。SHOUTAROU传达了金田博士的另一个遗言：废墟弹的所在地只有铁人才知道……。
于是正太郎一行人开始积极准备废墟弹的回收处理工作。但却突然出现了一个名叫“白昼的残月”的复员兵人。他指责正太郎没有持有铁人的资格，并不断的企图杀死正太郎，干扰回收工作。
现在，被铁人和废墟弹掩盖起来的可怕事实正在慢慢变得清晰……
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