真空干燥時物料內外溫度梯度小，由逆滲透作用使得作為溶劑的水獨自移動，克服了溶質散失現象。真空干燥也容易實現產品多樣化。以食品干燥為例，可以通過控制溫度和真空度，使產品發泡，膨化，生產出酥脆、速溶等食品。
真空干燥機在真空環境下，水分的沸點降低了，可以實現低溫干燥，為熱敏性物料的干燥提供了有利條件；氧分壓降低了，避免了物料在干燥過程中的氧化變質現象，保證了被干燥物料的質量，在缺氧狀態下殺死了一些細菌，抑制了一些細菌的繁殖生長；真空干燥過程可以回收一些有毒有害的氣體，防止了環境的污染。
如果使用不當，真空干燥機會出現彎曲，密封套損壞，過濾頭變形和破裂現象，如真空管在干燥過程中，這是因為在干燥過程中的外部空氣（簡稱放空）進入反沖過濾器頭部，當機體達到較高的真空度時，會對真空系統的損壞造成正負流動的強大沖擊。注意：在物料排空后要排空到排氣罐，必須通過排空閥門控制流量，將閥門打開到一個罐體，真空度逐漸降低然后慢慢增加。
真空干燥物料內和表面之間壓力差較大，在壓力梯度作用下，水分很快移向表面，不會出現表面硬化。同時能提高干燥速率，縮短干燥時間，降低真空干燥機運轉費用。